8 3657 SARS_COV_GENBANK_AY278741 ATG TTT ATT TTC TTA TTA TTT CTT ACT CTC ACT AGT GAC CGG TGC ACC ACT TTT GAT GAT GTT CAA GCT CCT AAT TAC ACT ACT TCA TCT ATG AGG GGG GTT TAC TAT CCT GAT GAA ATT TTT AGA TCA GAC ACT CTT TAT TTA ACT CAG GAT TTA TTT CTT CCA TTT TAT TCT AAT GTT ACA GGG TTT CAT ACT ATT AAT CAT ACG TTT GGC AAC CCT GTC ATA CCT TTT AAG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCC ACA GAG AAA TCA AAT GTT GTC CGT GGT TGG GTT TTT GGT TCT ACC ATG AAC AAC AAG TCA CAG TCG GTG ATT ATT ATT AAC AAT TCT ACT AAT GTT GTT ATA CGA GCA TGT AAC TTT GAA TTG TGT GAC AAC CCT TTC TTT GCT GTT TCT AAA CCC GGT ACA CAG ACA ATG ATA TTC GAT AAT GCA TTT AAT TGC ACT TTC GAG TAC ATA TCT GAT GCC TTT TCG CTT GAT GTT TCA GAA AAG TCA GGT AAT TTT AAA CAC TTA CGA GAG TTT GTG TTT AAA AAT AAA GAT GGG TTT CTC TAT GTT TAT AAG GGC TAT CAA CCT ATA GAT GTA GTT CGT GAT CTA CCT TCT GGT TTT AAC ACT TTG AAA CCT ATT TTT AAG TTG CCT CTT GGT ATT AAC ATT ACA AAT TTT AGA GCC ATT CTT ACA GCC TTT TCA CCT TCA GCT GCA GCC TAT TTT GTT GGC TAT TTA AAG CCA ACT ACA TTT ATG CTC AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAG AGC TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAC CAG ACC TCT AAT TTC AGG GTT GTT CCC TCA GGA GAT GTT GTG AGA TTC CCT AAT ATT ACA AAC TTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT AAA TTC CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGA AAA AAA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTG CTC TAC AAC TCA ACA TTT TTT TCA ACC TTT AAG TGC TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG TTG AAT GAT CTT TGC TTC TCC AAT GTC TAT GCA GAT TCT TTT GTA GTC AAG GGA GAT GAT GTA AGA CAA ATA GCG CCA GGA CAA ACT GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAT GAT TTC ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT AAT TAT AAA TAT AGG TAT CTT AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCC TTT GAG AGA GAC ATA TCT AAT GTG CCA CCT GCT CTT AAT TGT TTA AAT GAT TAT GGT TTT TAC ACC ACT ACT GGC ATT GGC TAC CAA CCT TAC AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCG GCC ACG GTT TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGC CGT GAT GTT TCT GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGA GAT CCT AAA ACA TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGG GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT TCT ACA GCA ATT CAT GCA GAT CAA CTC ACA CCA GCT TGG CGC ATA TAT TCT ACT GGA AAC AAT GTA TTC CAG ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GTT TCT CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GCT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA TAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTC ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATT AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCG GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTT CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAG GGC TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACG TAT GTG CCA TCC CAG GAG AGG AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCA GGA AAT TGT GAT GTC GTT ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTC GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA GZ02_NCBI_AY390556 ATG TTT ATT TTC TTA TTA TTT CTT ACT CTC ACT AGT GAC CGG TGC ACC ACT TTT GAT GAT GTT CAA GCT CCT AAT TAC ACT ACT TCA TCT ATG AGG GGG GTT TAC TAT CCT GAT GAA ATT TTT AGA TCA GAC ACT CTT TAT TTA ACT CAG GAT TTA TTT CTT CCA TTT TAT TCT AAT GTT ACA GGG TTT CAT ACT ATT AAT CAT ACG TTT GAC AAC CCT GTC ATA CCT TTT AAG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCC ACA GAG AAA TCA AAT GTT GTC CGT GGT TGG GTT TTT GGT TCT ACC ATG AAC AAC AAG TCA CAG TCG GTG ATT ATT ATT AAC AAT TCT ACT AAT GTT GTT ATA CGA GCA TGT AAC TTT GAA TTG TGT GAC AAC CCT TTC TTT GCT GTT TCT AAA CCC GGT ACA CAG ACA ATG ATA TTC GAT AAT GCA TTT AAT TGC ACT TTC GAG TAC ATA TCT GAT GCC TTT TCG CTT GAT GTT TCA GAA AAG TCA GGT AAT TTT AAA CAC TTA CGA GAG TTT GTG TTT AAA AAT AAA GAT GGG TTT CTC TAT GTT TAT AAG GGC TAT CAA CCT ATA GAT GTA GTT CGT GAT CTA CCT TCT GGT TTT AAC ACT TTG AAA CCC ATT TTT AAG TTG CCT CTT GGT ATT AAC ATT ACA AAT TTT AGA GCC ATT CTT ACA GCC TTT TTA CCT TCA GCT GCA GCC TAT TTT GTT GGC TAT TTA AAG CCA ACT ACA TTT ATG CTC AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAG AGC TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAC CAG ACC TCT AAT TTC AGG GTT GTT CCC TCA AGA GAT GTT GTG AGA TTC CCT AAT ATT ACA AAC TTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT AAA TTC CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTG CTC TAC AAC TCA ACA TTT TTT TCA ACC TTT AAG TGC TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG TTG AAT GAT CTT TGC TTC TCC AAT GTC TAT GCA GAT TCT TTT GTA GTC AAG GGA GAT GAT GTA AGA CAA ATA GCG CCA GGA CAA ACT GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAT GAT TTC ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT AAT TAT AAA TAT AGG TAT CTT AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCC TTT GAG AGA GAC ATA TCT AAT GTG CCA CCT GCT CTT AAT TGT TTA AAT GAT TAT GGT TTT TAC ACC ACT ACT GGC ATT GGC TAC CAA CCT TAC AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCG GCC ACG GTT TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGC CGT GAT GTT TCT GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGA GAT CCT AAA ACA TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGG GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT TCT ACA GCA ATT CAT GCA GAT CAA CTC ACA CCA GCT TGG CGC ATA TAT TCT ACT GGA AAC AAT GTA TTC CAG ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GTT TCT CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GCT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTC ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATT AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCG GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTT CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAG GGC TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACG TAT GTG CCA TCC CAG GAG AGG AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCA GGA AAT TGT GAT GTC GTT ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA GAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA RMYN02_GISAID_EPI_ISL_412977 ATG TTT ATT TTA CTT CTT ATT GGT TAT ACA GCA GCC ACC ACA TGT GTG ACT GGT CCC ACT ATT GAG AAT AAG CAA AAT GTT TCC TCC TTA ATG AGA GGT GTT TAT TAT CCT GAT GAT ATA TAT AGA TCT AAT GTT AAT GTT CTT TTT ACT GTA CCT TTT CTT AGG TTT AAT TCC ACT CTA ACC TGG TAT AAT TTT TGG AAC CAA GCA TAC ACC TCG CGT GTT ATG GAA TTT GGT GAC GGC ATT TAC TTT TCA ACT GTA GAT AAA TCA AAT GCT GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT ACG ACA TTG GAT AAT ACC ACA CAA TCA GCA CTA CTT ATT AAT AAT GGC AGT CTT GTA ACA ATA CAA GTT TGC TAT TTT CAG TTT TGC GCC AAC CCT GCC TTT CTA GTA GCG GGA GGT CAA ACA AGT GCA GCT GTT TAC ATC AGT TCA CAT AAC TGT ACT TAT TCT GAA GTC TTG AGT CAC ATT TCG CTT GAC TTT ACG GAG GAT ACA GGC TCA TTC AAA CGC TTG CGT GAG TTT GTG TTT AAA AAT AAT GAT GGG TTT CTT CAT ATC TAT GGT GCT TAT CAA CCT ATT GGT GCC ACT CCA TCA TTA CCC TCT ACA TTT AAA CCT CTA ATA CCT TTA TGG AAA TTA CCA TTA GGT CTT AAT ATT ACT AAT TTC AAA GTA GTT TTA ACT TTT AGC CAA CCG TTA CAA GCT AAC TTT GCT GTT GGT AGT CTT AAA TTA ACC ACT ATC ATG CTT TCT TTT GAT GTT AAT GGC ACT ATA GAT AAA GCT GTG GAT TGC TCT AGT GAT CCA CTA TCT GAG CTG AAG TGT ACA CTT AAG AGT TTT AAT GTA AGT AAA GGA ATT TAC CCT ACA TCC AAT TTC AGA ATC TTG CCT TCT ACA GAA GTG GTG AGA TTT CCT AAT ATT ACA AAC TTT TGC CCA TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACT AGG TTC CCC AAT GTA TAT GCA TGG CAA AGA ACT AAG ATT TCT GAC TGT ATT GCC GAT TAT ACA GTC CTT TAT AAC TCA ACT TCT TTT TCC ACA TTT AAG TGC TAT GGT GTT TCA CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACG TTC CTT ATA AGG TTT TCA GAA GTT AGA CAA ATA GCA CCC GGA GAG ACT GGT GTT ATA GCT GAC TAT AAT TAT AAA TTA CCT GAT GAC TTT ACT GGT TGC GTT TTA GCA TGG AAC ACT GCT CAA CAG GAC ATT GGT AGT TAC TTT TAC AGG TCT CAC CGG GCT GTA AAG CTT AAA CCT TTT GAA AGG GAC TTA TCA TCG GAT GAA AAT GGT GTT CGT ACC TTG AGT ACG TAT GAT TTT AAT CCA AAT GTA CCT TTA GAT TAT CAA GCT ACT AGA GTC GTT GTG CTC TCT TTT GAA CTA CTG AAT GCA CCA GCA ACC GTG TGC GGA CCT AAA TTG TCG ACA CAA CTT GTT AAG AAC CGG TGC GTC AAC TTC AAT TTT AAC GGA CTT AGG GGC ACT GGT GTT CTA ACT GAT TCA GAT AAA AGA TTT CAG TCT TTT CAA CAA TTT GGT CGC GAT TCA GCT GAT TTT ACT GAT TCT GTG CGC GAC CCT CAA ACG CTC CAA ATA TTA GAC ATC TCA CCA TGT TCT TTT GGT GGC GTT AGT GTT ATT ACA CCT GGT ACA CAA ACT TCC TCT AAA GTG GCT GTT TTG TAC CAA GAT GTC AAC TGT ACA GAC GTT CCT ACG GCA CTG GGT CTG GAC CAA ATT TCA GCT GCT TGG CGT GTT TAT GCT ATA GGC AAT GAC GTT TTC CAG ACC CAG GCC GGT TGT TTA GTG GGG GCT GAG CAC ACT AAC ATC TCT TAT GAG TGT GAC ATT CCC ATA GGA GCG GGT GTG TGT GCC AGT TAC AAC TCA CCT GCA GCG CGT GTA GGT ACT AAT TCC ATT ATT GCC TAC GCG ATG TCA ATT GGT GCA GAA AGT TCT ATT GCA TAT TCT AAT AAC TCA ATA GCC ATA CCC ACC AAT TTT TCT ATT CAG GTT ACC ACT GAA GTG TTG CCT GTT TCT GTG TCA AAA ACT TCA GTA GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCA CAG GAA TGT AAC AAG TTA TTG TTA CAG TAT GGT AGT TTT TGT GCA CAG CTC AAC CGT GCA TTG TCT GGT GTA GCT GTT GAA CAA GAC AAA AAC ACT GAA GCA GTT TTT GCT CAA GTT AAA CAA ATT TAT AAA GCA CCT GTC ATT AAA GAT TTA GGT GGC TTT AAT TTT TCA CAA TTA TTA CCT GAC CCT ACC AAA CCT AGC CAG AGG TCT TTT ATT GAA GAC TTA CTG TTT GAT AAG GTC ACC CTT TCT GAC GCT GGG TTT ATT AAG CAG TAT GGA GAC TGC CTT GGT GAC ATA GCT GCC AGA GAC CTC ATT TGC GCA CAG AAG TTT AAT GGA CTC ACT GTT CTA CCA CCT CTG CTC ACA GAT GAA ATG ATA GCT GCA TAT ACA TCG GCT CTT GTT AGT GGC ACT GCC ACT GCT GGT TGG ACC TTT GGT ATA GGT GCT GCC TTA CAA GTT CCA TTT GCA ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGT ATT GGA GTT ACA CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA TTG ATT GCC AAC CAA TTT AAC AGT GCT ATT GGC AAA ATT CAA GAC TCA CTT TCA TCC ACA GCA AGT GCA CTT GGA AAA CTT CAA GAT GTT GTC AAT CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG TTA AAT GAT ATT CTT TCA CGT CTA GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAG ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGC AGA CTT CAA AGC TTG CAG ACA TAT GTG ACT CAA CAA CTA ATT AGA GCT GCC GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCA GAG TGT GTA CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAT CAT CTC ATG TCC TTC CCT CAG TCA GCA CCT CAT GGT GTA GTT TTC TTG CAT GTG ACA TAT GTC CCT GCA CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACT GCT CCT GCA ATT TGC TAT GAC GGA AAA GCA CAT TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTT TCA AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAT TTT TAT GAA CCA CAA ATC ATC ACT ACA GAT AAC ACA TTT GTA TCT GGC AGC TGT GAT GTT GTA ATA GGA ATT GTC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTG CAA CCT GAA CTC GAT TCA TTT AAG GAG GAG TTA GAC AAA TAT TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTA GAT CTA GGT GAC ATC TCT GGC ATT AAT GCT TCA GTT GTA AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCT CTC ATC GAC CTC CAA GAA CTT GGA AAG TAT GAG CAG TAT ATA AAA TGG CCA TGG TAT ATT TGG CTA GGT TTT ATA GCT GGC TTG ATT GCC ATA ATA ATG GTG ACA ATT ATG CTT TGC TGT ATG ACC AGT TGC TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGT GGA TCC TGC TGC AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA ZC45_NCBI_MG772933 TTG TTT TTC TTG TTT CTT CAG TTC GCC TTA GTA AAC TCC CAG TGT TTG ACA GGC AGA ACC CCA CTC AAT CCC AAT TAT ACT AAT TCT TCA CAA AGA GGT GTT TAT TAC CCT GAC ACA ATT TAT AGA TCA GAC ACA CTT GTG CTC AGC CAG GGT TAT TTT CTT CCA TTT TAT TCT AAT GTT AGC TGG TAT TAC TCA TTA ACA AAG AGG ACT GAT AAT CCT ATA TTA GAT TTC AAG GAC GGC ATA TAC TTT GCT GCC ACT GAA CAC TCA AAT ATT ATC AGG GGC TGG ATC TTT GGA ACA ACT CTT GAC AAC ACT TCT CAA TCT CTC TTG ATA GTT AAC AAC GCA ACG AAT GTT ATT ATC AAG GTT TGT AAT TTT GAT TTT TGT TAT GAT CCC TAC CTT AGT GGT TAC TAT CAT AAC AAC AAA ACA GCT GTC TAT TCT TCT TAT GCT AAT TGT ACT TTT GAG TAT GTT TCG AAA TCC TTT ATG TTG AAC ATT TCT GGT AAT GGT GGT CTG TTC AAC ACT CTT AGA GAG TTT GTT TTC AGA AAT GTC GAT GGG CAT TTC AAG ATT TAC TCA AAG TTT ACA CCA GTA AAT TTA AAT CGT GGC TTG CCT ACT GGT CTC TCA GTG CTT CAG CCA TTG GTT GAA TTA CCA GTT AGC ATA AAT ATT ACT AAA TTC AGA ACA CTC CTC ACT ATT CCT ATG CCT TTT TCA GCT GCT TAT TTC GTG GGC TAT CTT AAA CCA CGT ACC TTT ATG CTG AAA TAT AAT GAG AAT GGC ACC ATT ACT GAT GCT GTT GAT TGT GCA CTT GAC CCT CTT TCG GAG ACA AAG TGT ACG TTA AAA TCT CTT ACT GTC CAA AAG GGC ATC TAT CAG ACT TCT AAC TTC CGA GTG CAA CCC ACT CAG TCT GTA GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACC AAT GTG TGT CCA TTT CAC AAG GTT TTT AAT GCC ACG AGG TTT CCT TCC GTC TAT GCG TGG GAA AGA ACT AAA ATT TCT GAT TGC ATT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAT TCA ACT TCT TTT TCT ACT TTT AAA TGT TAT GGT GTT TCA CCT TCT AAA TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACG AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTT CTC ATA AGA TTC TCA GAA GTC AGA CAG GTG GCA CCA GGA CAA ACT GGT GTC ATT GCT GAC TAT AAT TAT AAA TTA CCT GAT GAT TTT ACA GGT TGT GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCC AAA CAG GAT GTA GGT AAT TAT TTC TAC AGG TCT CAT CGT TCT ACC AAA TTG AAA CCA TTT GAA AGA GAT CTT TCC TCA GAC GAG AAT GGT GTC CGT ACA CTT AGT ACT TAT GAC TTC AAC CCT AAT GTA CCA CTT GAA TAC CAA GCT ACA AGG GTT GTT GTT TTG TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCA GCT ACA GTT TGT GGA CCA AAA CTA TCC ACA CAA CTA GTA AAA AAT CAG TGC GTT AAT TTC AAC TTT AAC GGA CTC AAG GGC ACT GGT GTC TTG ACT GAT TCT TCC AAG AGG TTT CAG TCA TTC CAA CAA TTT GGT AAA GAT GCG TCT GAC TTT ATT GAT TCA GTA CGT GAT CCT CAA ACA CTT GAG ATA CTT GAC ATT ACA CCT TGC TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCA GGA ACA AAC ACT TCT TTA GAG GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTA CCA ACT ACT ATA CAT GCA GAC CAA CTA ACA CCT GCT TGG CGT ATT TAT GCT ACT GGC ACT AAT GTG TTT CAA ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAT GAG TGT GAC ATC CCA ATT GGT GCT GGT ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACG GCT TCT CGC AGT ACA AGC CAG AAA GCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCC CTT GGT GCT GAG AAC TCT ATC GCT TAT GCT AAC AAT TCT ATA GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTT ACC ACT GAA GTT ATG CCT GTA TCA ATG GCT AAA ACT TCT GTA GAT TGT ACT ATG TAT ATC TGT GGT GAC TCT ATA GAG TGT AGC AAC TTG TTG TTA CAA TAT GGC AGT TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCT TTA AGT GGG ATT GCT ATT GAG CAA GAC AAG AAC ACC CAA GAG GTT TTT GCT CAA GTT AAG CAA ATC TAT AAA ACA CCA CCT ATT AAG GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAG ATA CTA CCT GAC CCA TCT AAA CCC AGC AAG AGG TCG TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAT AAA GTC ACT CTT GCT GAT GCC GGT TTT ATC AAA CAG TAC GGT GAT TGT TTG GGT GGT ATT TCT GCT AGA GAT TTG ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTC TTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATC GCT GCT TAT ACA GCT GCA TTA ATT AGC GGC ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACC TTT GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCA TTT GCC ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGA ATT GGA GTT ACT CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAG AAA TTA ATA GCC AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATT GGA AAA ATC CAA GAG TCT TTG ACA TCT ACA GCT AGT GCA CTT GGA AAA TTG CAG GAT GTT GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGT TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGC GTG TTG AAT GAC ATT CTT TCA CGC CTT GAC AAA GTC GAG GCT GAG GTT CAG ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGT AGA CTT CAG AGT TTA CAG ACG TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCG ACT AAA ATG TCC GAG TGT GTA CTA GGA CAA TCT AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGT TAT CAC CTA ATG TCT TTT CCC CAG TCA GCG CCT CAT GGT GTT GTC TTC TTA CAT GTG ACT TAC ATT CCT TCG CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACA GCT CCT GCC ATT TGC CAT GAA GGT AAA GCA CAC TTC CCA CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCG AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAC TTT TAT GAA CCT AAA ATT ATA ACC ACT GAC AAT ACA TTT GTC TCT GGT AAC TGT GAT GTT GTA ATT GGA ATT ATC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTA CAA CCA GAA CTT GAT TCA TTT AAG GAG GAG TTA GAT AAA TAT TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT ATT GAT CTT GGT GAT ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCT GTT GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AGA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATC AAA TGG CCA TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTC ATT GCT ATA GTC ATG GTT ACA ATC CTG CTT TGT TGC ATG ACA AGT TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGC GGA TCT TGC TGT AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA ZXC21_NCBI_MG772934 TTG TTT TTC TTG TTT CTT CAG TTC GCC TTA GTA AAC TCC CAG TGT TTG ACA GGT AGA ACT CCA CTC AAT CCC AAT TAT ACT AAT TCT TCA CAA AGA GGT GTT TAT TAC CCT GAC ACA ATT TAT AGA TCT GAC ACA CTA GTG CTT AGT CAG GGT TAT TTT CTT CCA TTT TAT TCC AAT GTT AGC TGG TAT TAT TCA TTA ACA AAG AGG ACT GAC AAC CCT ATA TTA GAT TTC AAG GAC GGC ATA TAT TTT GCT GCC ACT GAA CAC TCA AAT ATT GTC AGG GGC TGG ATC TTT GGA ACA ACT CTT GAC AAC ACT TCT CAA TCT CTC TTG ATA GTT AAC AAT GCA ACG AAT GTT ATT ATC AAG GTT TGT AAT TTT GAC TTT TGT TAC GAT CCC TAC CTT AGT GGT TAC TAT CAT AAC AAC AAA ACC GCT GTC TAT TCC TTT TAT GCT AAT TGT ACT TTT GAG TAT GTC TCA AAA TCC TTT ATG TTG AAC ATT TCT GGT AAT GGT GGT CTG TTC AAC ACT CTC AGA GAG TTT GTT TTT AGA AAT GTC GAT GGG CAT TTC AAG ATT TAC TCA AAA TTT ACA CCA GTA AAC TTA AAT CGT GGC TTA CCT ACT GGT CTT TCA GTA CTT CAA CCG TTG GTT GAA TTA CCA GTT AGC ATA AAT ATT ACT AAA TTT AGA ACA CTC CTC ACT ATT CCT ATG TCT TTT TCA GCT GCT TAT TTC GTG GGC TAT CTT AAA CCA CGT ACC TTT ATG CTG AAA TAT AAT GAG AAT GGC ACC ATT ACT GAT GCT GTT GAT TGT GCA CTT GAC CCT CTT TCG GAG ACA AAG TGT ACG TTA AAA TCT CTT AGT GTT CAA AAG GGT ATC TAT CAG ACT TCT AAC TTT CGA GTG CAA CCC ACT CAG TCT ATA GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACC AAT GTG TGT CCA TTT CAC AAG GTT TTT AAT GCC ACA AGG TTT CCT TCT GTT TAC GCG TGG GAA AGA ACT AAA ATT TCT GAT TGC ATT GCA GAC TAC ACT GTT TTC TAC AAT TCA ACT TCT TTT TCT ACT TTC AAA TGT TAT GGT GTT TCA CCC TCT AAA TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACG AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTT CTC ATA AGA TTT TCA GAG GTC AGA CAA GTG GCA CCA GGA CAG ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAT AAA TTA CCT GAT GAT TTT ACA GGT TGT GTC ATA GCC TGG AAC ACA GCA AAA CAG GAC ACA GGT CAT TAT TTC TAT AGG TCT CAT CGC TCT ACC AAA TTA AAA CCA TTT GAA AGA GAC CTT TCT TCA GAT GAG AAT GGT GTC CGT ACA CTT AGT ACT TAT GAC TTT AAC CCT AAT GTA CCG CTT GAA TAT CAA GCT ACA AGG GTT GTT GTC TTG TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCA GCT ACA GTT TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACA CAA CTA GTA AAA AAT CAG TGC GTT AAT TTC AAT TTT AAC GGA CTC AAG GGC ACT GGT GTC TTG ACT GAT TCT TCT AAG AGG TTT CAG TCA TTC CAA CAA TTT GGT AAA GAT GCG TCT GAC TTT ATT GAT TCA GTA CGT GAT CCT CAA ACA CTT GAG ATA CTT GAC ATT ACA CCT TGC TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCA GGA ACA AAC ACT TCT TCA GAG GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTA CCA ACT ACT ATA CAT GCA GAC CAA TTA ACA CCT GCT TGG CGC ATT TAT GCT ATT GGC ACT AGT GTG TTT CAA ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAT GAG TGT GAC ATC CCA ATT GGT GCT GGT ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACG GCT TCT CGT AGT ACA GGC CAG AAA GCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCC CTT GGT GCT GAG AAC TCT ATT GCT TAT GCT AAC AAT TCT ATA GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACC ACT GAA GTT ATG CCT GTA TCA ATG GCT AAA ACT TCT GTA GAT TGC ACT ATG TAT ATC TGC GGT GAC TCT ATA GAG TGT AGC AAC TTG TTG TTA CAA TAT GGC AGT TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCT TTA AGT GGA ATT GCT ATT GAA CAA GAC AAG AAC ACT CAA GAG GTT TTT GCT CAA GTC AAG CAA ATC TAT AAA ACA CCA CCT ATT AAG GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTT TCA CAG ATA TTA CCC GAT CCT TCT AAA CCC AGC AAG AGG TCG TTT ATT GAA GAT TTA CTC TTC AAT AAA GTC ACT CTT GCT GAT GCT GGT TTT ATA AAA CAG TAC GGT GAT TGT TTG GGT GAT ATT TCT GCT AGA GAT TTG ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGA CTC ACT GTC TTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATC GCT GCT TAT ACA GCT GCA TTA ATT AGC GGC ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACC TTT GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCA TTT GCC ATG CAA ATG GCT TAT AGA TTT AAT GGA ATT GGA GTT ACT CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAG AAA TTA ATA GCC AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATT GGA AAA ATC CAA GAG TCT TTG ACA TCT ACA GCT AGT GCA CTT GGA AAA TTG CAG GAT GTT GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGT TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGC GTG TTG AAT GAT ATT CTT TCA CGC CTT GAC AAA GTC GAG GCT GAG GTT CAG ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGT AGA CTT CAG AGT TTA CAG ACG TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCG ACT AAA ATG TCC GAG TGT GTA CTA GGA CAA TCT AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGT TAT CAC CTA ATG TCT TTT CCC CAG TCA GCG CCT CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTG ACT TAC ATT CCT TCG CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACA GCT CCT GCC ATT TGT CAT GAA GGT AAA GCA CAC TTC CCA CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCG AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAC TTT TAC GAA CCC CAA ATT ATA ACC ACT GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGT AAC TGT GAT GTT GTA ATT GGA ATT ATC AAT AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTA CAA CCA GAA CTT GAT TCA TTT AAG GAG GAG TTA GAT AAA TAT TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT ATT GAT CTT GGT GAT ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCT GTT GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AGA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAC TAT ATC AAA TGG CCA TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTC ATT GCT ATA GTC ATG GTT ACA ATC CTG CTT TGT TGC ATG ACA AGT TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGC GGA TTT TGC TGT AAA TTT GAT GAA GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACG PANGOLIN_GX_P5L_2017_GISAID_EPI_ISL_410540 ATG TTT GTT TTT CTT TTT GTC TTG CCT TTG GTT TCC AGT CAA TGT TTG ACC ACA AGA ACT GGA ATA CCG CCA GGT TAT ACC AAT TCA TCT ACT AGA GGT GTC TAT TAT CCA GAC AAA GTT TTT AGG TCT TCA ATT TTA CAT CTT ACA CAA GAC CTT TTC TTA CCT TTC TTT TCT AAT GTT ACT TGG TTT AAC ACC ATA AAT AAG AAG TTT GAC AAT CCT GTT TTA CCA TTT AAT GAT GGT GTT TAC TTT GCC TCC ACG GAA AAG TCC AAT ATT ATA CGC GGT TGG ATT TTT GGA ACA ACA CTT GAT GCC AGA ACT CAA TCT CTT CTA ATA GTT AAC AAC GCA ACC AAT GTT GTT ATC AAA GTA TGT GAG TTT CAG TTT TGC ACT GAT CCA TTT TTA GGT GTT TAC TAT CAT AAC AAT AAA ACA AGA GTT TAT TCA AGT GCC AAC AAT TGC ACT TTC GAA TAC ATT TCT CAA CCT TTT CTT ATG GAC CTT GAA GGA AAG CAA GGT AAT TTT AAG AAC CTT AGA GAG TTT GTG TTT AAA AAT GTT GAT GGT TAT TTC AAG ATT TAC TCT AAA CAC ACA CCT ATT GAT TTA GTG CGC GAC CTC CCC AGA GGT TTT GCT GCA TTG GAA CCA CTG GTG GAC CTC CCT ATA GGT ATT AAT ATT ACC AGA TTC CAA ACA TTG CTT GCT TTA CTT ACA CCT GGA GCT GCT GCT TAC TAT GTA GGT TAC CTA CAA CAG AGG ACT TTT CTC TTA AGT TAC AAT CAA AAT GGA ACC ATT ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCA CTA GAC CCT CTT TCA GAG ACA AAG TGC ACA TTA AAA TCC CTA ACA GTT GAA AAA GGA ATT TAC CAG ACT TCT AAC TTC AGA GTT CAA CCA ACA ATC AGT ATA GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACA AAC TTA TGT CCA TTT GGA GAA GTG TTT AAC GCA TCC AAA TTT GCA TCA GTT TAT GCT TGG AAC AGG AAG AGA ATT AGC AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTT TAT AAC TCT ACA TCA TTT TCC ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCA CCT ACA AAA CTC AAT GAC CTT TGC TTC ACC AAT GTG TAT GCA GAC TCA TTT GTT GTT AAA GGT GAC GAG GTT AGA CAA ATA GCA CCC GGA CAA ACT GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAC TAT AAG CTG CCA GAT GAT TTT ACT GGT TGT GTT ATT GCT TGG AAC TCA GTT AAG CAA GAT GCT TTG GGT TAT TTG TAT AGA TTA TTT AGA AAG TCT AAG CTT AAA CCA TTT GAG AGA GAT ATT TCC ACT GAA CAA GTT GGT CTA AAT TGT CTT GAA AGG TAT GGT TTT CAC CCA ACT ACA GGT GTT AAC TAC CAA CCT TTT AGA GTG GTT GTT TTA TCA TTT GAG TTA CTT AAT GGA CCA GCT ACT GTT TGT GGA CCC AAA TTG TCT ACA ACA CTA GTT AAA GAC AAA TGT GTC AAT TTC AAC TTT AAC GGT TTA ACT GGC ACA GGT GTT CTT ACA ACA TCT AAG AAA CAG TTT CTG CCT TTT CAA CAA TTT GGT AGA GAC ATC TCT GAC ACT ACT GAT GCT GTC CGT GAC CCA CAG ACA CTT GAA ATA CTT GAC ATT ACC CCT TGC TCT TTT GGA GGA GTT AGT GTG ATA ACA CCA GGT ACA AAC ACT TCT AAT CAA GTG GCT GTA CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGT ACT GAA GTG CCT ATG GCC ATT CAT GCA GAA CAA CTT ACA CCT GCC TGG CGT GTT TAC TCT GCA GGA GCA AAT GTG TTT CAA ACA AGA GCA GGC TGT TTA GTA GGT GCT GAG CAT GTC AAC AAT TCT TAT GAA TGT GAC ATT CCA GTC GGT GCT GGC ATA TGT GCA AGT TAC CAT TCC ATG TCA CGT AGT GTC AAC CAG CGT TCA ATC ATT GCT TAC ACT ATG TCT TTA GGT GCA GAA AAT TCA GTT GCT TAT TCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACT AAT TTT ACA ATA AGT GTT ACC ACA GAA ATT CTA CCA GTG TCA ATG ACT AAG ACT TCT GTA GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGA GAT TCA ATT GAG TGT AGT AAT TTA TTG CTA CAA TAT GGC AGT TTT TGC ACA CAA TTA AAC CGT GCT TTG ACT GGG ATT GCT GTT GAA CAA GAC AAA AAC ACA CAA GAA GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATC TAC AAA ACA CCA CCT ATT AAA GAT TTT GGT GGC TTT AAC TTT TCA CAA ATA TTG CCA GAT CCA TCA AAA CCA AGC AAG AGG TCA TTT ATT GAG GAT TTA CTC TTC AAC AAA GTG ACA CTT GCT GAT GCT GGC TTC ATC AAA CAA TAT GGT GAT TGC CTT GGT GAT ATT GCT GCT AGA GAT CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGA CTC ACG GTT CTA CCG CCT TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT CAA TAC ACT TCT GCA CTA CTT GCT GGA ACA ATC ACC TCA GGT TGG ACC TTT GGT GCA GGA GCT GCT TTA CAA ATA CCC TTT GCA ATG CAA ATG GCT TAC AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTC ACT CAG AAT GTT CTA TAT GAG AAT CAG AAA TTA ATT GCC AAT CAG TTC AAC AGT GCT ATT GGC AAA ATA CAG GAT TCA CTT TCA TCT ACG GCT AGT GCA CTT GGT AAA CTT CAA GAC GTC GTA AAT CAA AAT GCA CAG GCT TTA AAC ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGT TCC AAT TTT GGA GCT ATT TCG AGT GTG CTT AAT GAT ATT CTT TCA CGT CTT GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAA ATT GAT AGG TTA ATC ACA GGA AGA CTA CAG AGT CTT CAA ACT TAT GTG ACA CAA CAA TTA ATC AGA GCA GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCA ACA AAA ATG TCT GAG TGC GTA CTC GGA CAA TCT AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAC CAT TTA ATG TCT TTC CCT CAA TCA GCA CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTG CAT GTT ACT TAT GTA CCT GCA CAA GAA AAG AAC TTT ACT ACT GCT CCT GCT ATT TGT CAT GAA GGA AAA GCA CAC TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTC GTT TCA AAT GGC ACT CAT TGG TTT ATT ACA CAA AGG AAT TTT TAT GAA CCT CAA ATT ATT ACC ACT GAC AAC ACA TTC GTC TCT GGT AGC TGT GAT GTT GTA ATT GGA ATA GTC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTG CAA CCC GAG CTT GAC TCA TTT AAG GAG GAG TTA GAC AAA TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATA TCT GGC ATA AAT GCT TCG GTC GTC AAC ATA CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT TTG AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTA CAA GAG CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAC ATT TGG CTT GGT TTT ATA GCT GGG CTA ATT GCT ATC ATT ATG GTC ACA ATC ATG CTA TGT TGT ATG ACT AGT TGC TGT AGT TGC CTC AAG GGT TGT TGC TCT TGC GGT TCC TGC TGC AAA TTT GAT GAA GAC GAT TCA GAA CCT GTT CTG AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA SARS_COV_2_GISAID_EPI_ISL_402124 ATG TTT GTT TTT CTT GTT TTA TTG CCA CTA GTC TCT AGT CAG TGT CTT ACA ACC AGA ACT CAA TTA CCC CCT GCA TAC ACT AAT TCT TTC ACA CGT GGT GTT TAT TAC CCT GAC AAA GTT TTC AGA TCC TCA GTT TTA CAT TCA ACT CAG GAC TTG TTC TTA CCT TTC TTT TCC AAT GTT ACT TGG TTC CAT GCT ATA CAT AAG AGG TTT GAT AAC CCT GTC CTA CCA TTT AAT GAT GGT GTT TAT TTT GCT TCC ACT GAG AAG TCT AAC ATA ATA AGA GGC TGG ATT TTT GGT ACT ACT TTA GAT TCG AAG ACC CAG TCC CTA CTT ATT GTT AAT AAC GCT ACT AAT GTT GTT ATT AAA GTC TGT GAA TTT CAA TTT TGT AAT GAT CCA TTT TTG GGT GTT TAT TAC CAC AAC AAC AAA AGT AGA GTT TAT TCT AGT GCG AAT AAT TGC ACT TTT GAA TAT GTC TCT CAG CCT TTT CTT ATG GAC CTT GAA GGA AAA CAG GGT AAT TTC AAA AAT CTT AGG GAA TTT GTG TTT AAG AAT ATT GAT GGT TAT TTT AAA ATA TAT TCT AAG CAC ACG CCT ATT AAT TTA GTG CGT GAT CTC CCT CAG GGT TTT TCG GCT TTA GAA CCA TTG GTA GAT TTG CCA ATA GGT ATT AAC ATC ACT AGG TTT CAA ACT TTA CTT GCT TTA TTG ACT CCT GGT GCT GCA GCT TAT TAT GTG GGT TAT CTT CAA CCT AGG ACT TTT CTA TTA AAA TAT AAT GAA AAT GGA ACC ATT ACA GAT GCT GTA GAC TGT GCA CTT GAC CCT CTC TCA GAA ACA AAG TGT ACG TTG AAA TCC TTC ACT GTA GAA AAA GGA ATC TAT CAA ACT TCT AAC TTT AGA GTC CAA CCA ACA GAA TCT ATT GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACA AAC TTG TGC CCT TTT GGT GAA GTT TTT AAC GCC ACC AGA TTT GCA TCT GTT TAT GCT TGG AAC AGG AAG AGA ATC AGC AAC TGT GTT GCT GAT TAT TCT GTC CTA TAT AAT TCC GCA TCA TTT TCC ACT TTT AAG TGT TAT GGA GTG TCT CCT ACT AAA TTA AAT GAT CTC TGC TTT ACT AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTT GTA ATT AGA GGT GAT GAA GTC AGA CAA ATC GCT CCA GGG CAA ACT GGA AAG ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTA CCA GAT GAT TTT ACA GGC TGC GTT ATA GCT TGG AAT TCT AAC AAT CTT GAT TCT AAG AAT TAC CTG TAT AGA TTG TTT AGG AAG TCT AAT CTC AAA CCT TTT GAG AGA GAT ATT TCA ACT GAA GTT GAA GGT TTT AAT TGT TTA CAA TCA TAT GGT TTC CAA CCC ACT AAT GGT GTT GGT TAC CAA CCA TAC AGA GTA GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT CTA CAT GCA CCA GCA ACT GTT TGT GGA CCT AAA AAG TCT ACT AAT TTG GTT AAA AAC AAA TGT GTC AAT TTC AAC TTC AAT GGT TTA ACA GGC ACA GGT GTT CTT ACT GAG TCT AAC AAA AAG TTT CTG CCT TTC CAA CAA TTT GGC AGA GAC ATT GCT GAC ACT ACT GAT GCT GTC CGT GAT CCA CAG ACA CTT GAG ATT CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCA GGA ACA AAT ACT TCT AAC CAG GTT GCT GTT CTT TAT CAG GAT GTT AAC TGC ACA GAA GTC CCT GTT GCT ATT CAT GCA GAT CAA CTT ACT CCT ACT TGG CGT GTT TAT TCT ACA GGT TCT AAT GTT TTT CAA ACA CGT GCA GGC TGT TTA ATA GGG GCT GAA CAT GTC AAC AAC TCA TAT GAG TGT GAC ATA CCC ATT GGT GCA GGT ATA TGC GCT AGT TAT CAG ACT CAG ACT CGT AGT GTA GCT AGT CAA TCC ATC ATT GCC TAC ACT ATG TCA CTT GGT GCA GAA AAT TCA GTT GCT TAC TCT AAT AAC TCT ATT GCC ATA CCC ACA AAT TTT ACT ATT AGT GTT ACC ACA GAA ATT CTA CCA GTG TCT ATG ACC AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATT TGT GGT GAT TCA ACT GAA TGC AGC AAT CTT TTG TTG CAA TAT GGC AGT TTT TGT ACA CAA TTA AAC CGT GCT TTA ACT GGA ATA GCT GTT GAA CAA GAC AAA AAC ACC CAA GAA GTT TTT GCA CAA GTC AAA CAA ATT TAC AAA ACA CCA CCA ATT AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCA GAT CCA TCA AAA CCA AGC AAG AGG TCA TTT ATT GAA GAT CTA CTT TTC AAC AAA GTG ACA CTT GCA GAT GCT GGC TTC ATC AAA CAA TAT GGT GAT TGC CTT GGT GAT ATT GCT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCA CAA AAG TTT AAC GGC CTT ACT GTT TTG CCA CCT TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT CAA TAC ACT TCT GCA CTG TTA GCG GGT ACA ATC ACT TCT GGT TGG ACC TTT GGT GCA GGT GCT GCA TTA CAA ATA CCA TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGT ATT GGA GTT ACA CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA TTG ATT GCC AAC CAA TTT AAT AGT GCT ATT GGC AAA ATT CAA GAC TCA CTT TCT TCC ACA GCA AGT GCA CTT GGA AAA CTT CAA GAT GTG GTC AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAT ATC CTT TCA CGT CTT GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAA ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGC AGA CTT CAA AGT TTG CAG ACA TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATT AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCA GAG TGT GTA CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAG GGC TAT CAT CTT ATG TCC TTC CCT CAG TCA GCA CCT CAT GGT GTA GTC TTC TTG CAT GTG ACT TAT GTC CCT GCA CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACT GCT CCT GCC ATT TGT CAT GAT GGA AAA GCA CAC TTT CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTT TCA AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAT TTT TAT GAA CCA CAA ATC ATT ACT ACA GAC AAC ACA TTT GTG TCT GGT AAC TGT GAT GTT GTA ATA GGA ATT GTC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTG CAA CCT GAA TTA GAC TCA TTC AAG GAG GAG TTA GAT AAA TAT TTT AAG AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT TTA GGT GAC ATC TCT GGC ATT AAT GCT TCA GTT GTA AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAG AAT TTA AAT GAA TCT CTC ATC GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAG TAT GAG CAG TAT ATA AAA TGG CCA TGG TAC ATT TGG CTA GGT TTT ATA GCT GGC TTG ATT GCC ATA GTA ATG GTG ACA ATT ATG CTT TGC TGT ATG ACC AGT TGC TGT AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGT GGA TCC TGC TGC AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA RATG13_GISAID_EPI_ISL_402131 ATG TTT GTT TTT CTT GTT TTA TTG CCA CTA GTT TCT AGT CAG TGT CTA ACA ACT AGA ACT CAG TTA CCT CCT GCA TAC ACC AAC TCA TCC ACC CGT GGT GTC TAT TAC CCT GAC AAA GTT TTC AGA TCT TCA GTT TTA CAT TTA ACT CAG GAT TTG TTT TTA CCT TTC TTC TCC AAT GTG ACC TGG TTC CAT GCT ATA CAT AAA AGG TTT GAT AAC CCA GTT CTG CCA TTC AAC GAT GGC GTC TAT TTT GCT TCC ACT GAG AAG TCT AAT ATA ATA AGA GGA TGG ATT TTT GGT ACT ACC TTA GAT TCG AAG ACC CAG TCT CTA CTT ATT GTT AAT AAC GCT ACT AAT GTT GTT ATT AAA GTC TGT GAA TTT CAA TTT TGT AAT GAT CCA TTT TTG GGT GTT TAT TAC CAC AAC AAC AAA AGT AGA GTT TAC TCT AGT GCG AAT AAT TGC ACT TTT GAG TAT GTC TCT CAG CCT TTT CTT ATG GAC CTT GAA GGA AAA CAG GGT AAT TTC AAA AAT CTT AGG GAA TTC GTG TTT AAG AAT ATT GAT GGT TAT TTC AAA ATA TAT TCT AAA CAT ACG CCT ATT AAT TTA GTG CGT GAT CTT CCC CCT GGT TTT TCA GCT TTA GAA CCA TTG GTA GAT CTG CCA ATA GGT ATT AAC ATC ACT AGG TTT CAA ACT TTA CTT GCT TTA TTG ACT CCT GGT GCT GCA GCT TAT TAT GTG GGT TAT CTT CAA CCA AGG ACT TTT CTA CTA AAA TAT AAT GAG AAT GGA ACC ATT ACA GAT GCT GTA GAC TGT GCA CTT GAC CCT CTT TCA GAA ACA AAG TGT ACG TTA AAA TCC TTC ACT GTT GAA AAA GGA ATT TAT CAA ACC TCT AAC TTT AGA GTC CAA CCA ACA GAT TCT ATT GTT AGA TTC CCA AAT ATT ACA AAC TTA TGT CCT TTT GGT GAA GTT TTT AAC GCC ACC ACA TTC GCA TCA GTT TAT GCT TGG AAC AGA AAG AGA ATT AGC AAC TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTC CTA TAT AAT TCC ACT TCA TTT TCT ACC TTT AAA TGT TAT GGA GTG TCT CCT ACT AAA TTA AAT GAT CTC TGC TTT ACT AAT GTT TAT GCA GAC TCA TTT GTG ATT ACA GGT GAT GAA GTC AGA CAA ATT GCG CCA GGA CAA ACT GGA AAG ATT GCT GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCA GAT GAT TTT ACT GGT TGT GTT ATA GCT TGG AAT TCT AAG CAT ATT GAT GCA AAA AAC TAT CTT TAC CGT CTC TTT AGA AAA GCT AAT CTT AAA CCC TTT GAG AGG GAT ATC TCA ACT GAA CAA ACT GGT CTA AAT TGC CTT TAT AGA TAT GGA TTT TAC CCT ACT GAT GGT GTT GGT CAC CAA CCT TAT AGG GTA GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT CTA AAT GCA CCA GCA ACT GTT TGT GGA CCT AAG AAG TCT ACT AAC TTG GTT AAA AAT AAA TGT GTC AAT TTC AAC TTT AAT GGT TTA ACT GGC ACA GGT GTC CTC ACA GAG TCT AAT AAA AAG TTT CTA CCT TTC CAA CAA TTT GGT AGA GAC ATT GCA GAC ACT ACT GAT GCC GTC CGT GAT CCA CAG ACA CTT GAG ATT CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCC TCT AAC CAG GTT GCT GTT CTT TAT CAG GAT GTT AAC TGC ACA GAA GTC CCT GTT GCT ATC CAT GCA GAC CAA CTT ACT CCC ACT TGG CGT GTT TAC TCC ACA GGT TCT AAT GTT TTT CAA ACA CGT GCA GGT TGT TTA ATA GGG GCT GAA CAT GTC AAT AAC TCG TAT GAG TGT GAC ATA CCT ATT GGT GCA GGA ATA TGC GCC AGT TAT CAG ACT CAA ACT CGT AGT GTG GCC AGT CAA TCT ATT ATT GCC TAC ACT ATG TCA CTT GGT GCA GAA AAT TCA GTT GCT TAT TCT AAT AAC TCT ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT ACT ATT AGT GTG ACC ACT GAA ATT CTA CCT GTG TCT ATG ACA AAG ACA TCG GTA GAC TGT ACA ATG TAT ATT TGT GGT GAT TCA ACT GAG TGC AGC AAC CTT TTG TTG CAA TAT GGT AGT TTT TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCT TTA ACT GGA ATA GCT GTT GAA CAG GAC AAA AAT ACT CAA GAA GTT TTT GCT CAA GTT AAA CAA ATT TAT AAG ACA CCA CCA ATT AAA GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCA GAT CCA TCA AAA CCA AGC AAG AGG TCA TTT ATT GAG GAT TTA CTT TTC AAT AAA GTG ACA CTT GCT GAT GCT GGC TTC ATC AAA CAA TAT GGT GAT TGC CTT GGT GAT ATT GCT GCT AGG GAT CTT ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTT CTG CCA CCT TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATC GCT CAA TAC ACT TCT GCA CTA TTA GCA GGT ACA ATC ACT TCT GGT TGG ACT TTT GGT GCA GGT GCT GCT TTA CAA ATA CCA TTT GCC ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGT ATT GGA GTT ACA CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA TTG ATT GCC AAC CAG TTT AAT AGT GCT ATT GGC AAA ATT CAA GAC TCA CTT TCT TCT ACA GCA AGT GCA CTT GGA AAA CTT CAA GAT GTT GTC AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGA GCT ATT TCT AGC GTG TTA AAT GAT ATC CTT TCA CGT CTC GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAG ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA CTT CAA AGC TTG CAG ACA TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATT AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCC AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCA GAG TGT GTA CTC GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTC CCT CAG TCA GCA CCT CAT GGT GTA GTC TTC TTG CAT GTG ACA TAT GTC CCT GCA CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACT GCT CCT GCC ATT TGT CAT GAT GGA AAA GCA CAC TTT CCA CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCA AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTT ACA CAA AGG AAT TTT TAT GAA CCA CAA ATT ATT ACA ACA GAC AAC ACA TTT GTC TCT GGT AGC TGT GAT GTT GTA ATA GGA ATT GTC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTG CAA CCA GAA CTT GAT TCA TTC AAG GAG GAG TTG GAT AAA TAC TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTA GAT TTA GGT GAC ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCA GTT GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCT CTC ATC GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAG TAT GAA CAG TAT ATA AAA TGG CCA TGG TAC ATT TGG CTA GGT TTT ATA GCT GGC TTG ATT GCC ATA ATA ATG GTC ACG ATT ATG CTT TGC TGT ATG ACC AGT TGC TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGC GGA TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA Printing out site pattern counts 8 2931 P SARS_COV_GENBANK_AY278741 AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACA ACC ACC ACC ACC ACC ACC ACC ACC ACC ACC ACG ACG ACG ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGA AGC AGC AGC AGC AGC AGC AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGG AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATC ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAA CAC CAC CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAT CAT CAT CAT CAT CAT CAT CAT CAT CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCC CCC CCC CCG CCG CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CCT CGA CGA CGA CGA CGC CGC CGC CGG CGT CGT CGT CGT CGT CGT CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTA CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTC CTG CTG CTG CTG CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT CTT GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAC GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAG GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GAT GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCA GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCC GCG GCG GCG GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGA GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGC GGG GGG GGG GGG GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GTA GTA GTA GTA GTA GTA GTA GTA GTA GTA GTA GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT GTT TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAC TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCA TCC TCC TCC TCC TCC TCC TCG TCG TCG TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGC TGG TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TGT TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTC TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTG TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT GZ02_NCBI_AY390556 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .G. G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... A.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .A. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... G.. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .T. ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... RMYN02_GISAID_EPI_ISL_412977 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ..G ..T ..T .CT .GG .T. C.. GG. TTT ..G ... ..A ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T C.A G.T T.T TCG ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ... ... .CC .G. .GT C.. G.T GGT GGT TCT ..C ..C ..C ..C ..C ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... .C. .C. .GC .G. .G. .G. .G. .T. C.A C.A CG. CT. G.C G.C G.. G.. GC. TCA TCG ... ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..C ..G ..G ..G ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T GAT G.. G.. GT. T.. T.. T.. T.C ..A ..A ..A ..A ..A ..T C.A G.A GTG T.A ..A ..C G.A .A. ..A ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .GC .GG .G. .G. .TA .TC CAG C.. G.A G.G GG. GTA GTA GTC GT. GT. TA. T.C T.. TT. TT. .A. ... ... ... ... ... ..G C.G ... ... ... ..T ..T CAG G.T .AA .A. ..A ..A ..A ... ... ... GCT ... ... ... ... ... C.. GCC G.C ... ... ... ... ..C ..G ..T G.C G.G G.T G.T G.T T.. T.. ..A ..A ... ... ..T ..T ..T ..T .CT ... ... ... ... ..T ..T GCT G.. T.. T.. ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CAG C.A C.G C.. C.. G.A G.A G.A G.C G.G G.. G.. G.. TGG T.A T.A A.. ACT AGT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ..G ..G ..G ..G ..G ..G ..G ..G G.G G.G TTG ..T .G. ACT AGT ..A ..A ..A ... .CT .G. A.C A.. ..A ..C ... ... GC. GG. T.. AGG ... ... ... ... ... ..C ..T ..T ..T ..T ..T ..T GA. G.T T.T TT. ..T ..T GGT ..A ..T ... AAG AA. ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .G. GAA GA. G.. .A. ..C ..T ..T AAA ... ..T ACA A.A .CA ..C ... GAA GCG ACC ... ..C ..T ..T T.. T.. T.G T.G T.G ACA A.T ..A ... ... ... ... ..G ..G ..T ..T ..T ..T ..T T.A T.G ... ... ..T T.A T.. AA. .AC ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... GG. G.. T.A T.A T.A T.A T.G T.G T.G A.. C.. C.G ... ... ... ... ... ..C ..C ..C ..G ..G ..G ..T .C. .TT A.. A.T AC. AGT C.A ... ... ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T .C. A.. A.T C.A ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ... ... ... ..T TCT A.A ACG AC. AG. ATC CCC ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .G. .TA TCA TCA CTG ... ... ... ... ... ... ... ..C ..T ..T ..T .TT T.. T.. TGT AA. A.T CA. C.T ..A ..A ..A ... ... ... .TA TTT ..A ..A ..T AAC AA. A.. ATA AT. CAA CTA ..A ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .G. .T. T.A T.A T.G T.. T.. AC. .AC ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..C ..G ..T ..T ..T TTT AC. CCT .AT .CT ..A ..A ..A ..A ... ... ... ..G ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T .TA ... ..T ..T T.. ACA CAA .A. ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... C.T .CC ... ..G ..G ..G ..G ..T ..T ..T ..T ACT A.A A.A ..A ..A ..A ... ... ..G ..G ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T A.T .AT .CA ..C ..C ..C ... ... ... ..T ..T ..T ACA AC. A.C A.C A.. A.. A.. A.. CC. C.A C.. .C. ..A ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ..G ..G ..G ..G ..G ..G ..G ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCA T.G T.. A.T A.T ACT C.T G.A ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T G.. A.. AG. C.. GT. ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .C. .T. A.. A.. A.G GAT G.. ... ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..C ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T .T. CA. A.A G.A ..A ... ..G ..T ..A ..A ... AA. A.A A.A A.G A.G CAC C.. CTC GAA G.A G.G G.. G.. GGC ..A ..A ..A ..A ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... .TA .TG ... ... ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ... ... ACC ..C ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... A.T CCT C.. C.G C.T C.T C.T C.T ... ... ... ... ..G ..G ..G ..G GC. .A. .AT ..A ... ... ... ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T A.. A.T C.A C.A C.T ..A ..A ..A ..A ... ..T ..T AGC A.C A.. A.. CA. GC. GG. .AC .A. .A. .CA .C. .GG ..A ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ZC45_NCBI_MG772933 ... ... ... ... ... ..C ..G .G. .G. C.C ... ..G ... GTC .CT .GG C.G C.. T.T TTC ... ..G TCA ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T G.T ... ... ... ... ..T ..T .CT ..A G.. ..T ..T ..A ..A ..A ... G.A ..A ..A ..A ... .CT .GA .GT ... ..T ... TCA ..A ..C ... ... ... .CA ..C ..A ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... .C. ..C ... .G. .G. TC. .T. ..C ... CG. ... ... G.. ... G.C TC. CTG TCA .AC ... ... ... ... ..C ..T ..C ..T .GC ... ..G ..T ... ..C ..C ..C ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ... ... ..T ... ... ..G T.T ..A ..G ..T ..T ..T ..T C.T ..A TTG T.T ..T ..A .G. .A. ..A ..A ..A ..A ... ..A ..A ..C ... CG. ..A ..C ..G ... ... ... ... ... ... .T. .GC .AG ..G .G. ... G.. .TA GTG GTA ... GG. ..A GTA C.. ..A ... G.C .A. T.. .GC T.A ... ... ... ... ..G ..G ... C.T ... ..T ..T ..T TCT ..T ... .AA .A. ..A ..A C.A ... ... ... GCC .AC ..C ..C ..C ... ... .AC G.A ... ... ..C G.G ..T T.. G.. G.T ... ... ..T G.C ... C.T ..A ..T ... ... ..A ... ..T ..T .CA ... ... CAA T.. ..C ..C GCT ... ... C.T ..A ..C ..C ... ... ... ... ... ..A ..C ... ... ... ..A ..A ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... G.. T.C CAG T.G ..A ..A ..A ... G.A G.C ..C ... C.C G.A G.. T.A C.. T.G A.. ..G .TT A.. AC. ... ... ... ..G ..G ..G ..G ... ... ... ..G ..G ..G ..G ..G ... .TC TT. ... ACT ... A.A ..A ..A ..A ..A ... ... ... T.C A.G ... ... ... TC. ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ... ... ... ..C ..C ..T ..T GAG ..T T.. ... ..A ... .AT ..A ..T ..A ..C AA. ..A ..A ..A ... ..A ... ... ... ... ..A ..A ..A ..A ..A ..C ... ... ... ... ... ... ... GA. GA. G.. AAG ..T A.. ..C AAG ... ..T .A. A.G ... AAA ... .AA ..C TCT T.. ... T.. T.G T.G T.G ..C ..T T.. T.A ..A ... ... ... ... T.G ACA ... ... ..G ..T T.. T.. T.A T.A ..T T.. T.. T.A T.A ... .A. ... ... ... ... ..A ..C ... T.G ..A ..A ... ... ... T.G T.G T.G T.C G.C A.A ..C ... G.. T.A T.G T.G ..G ..G ..T ... ... ..G ..G ..G ... ..G ..T ..G ..G .GT AC. ..G ..G A.T ... TC. C.A C.A ... ... ... ..T ..T ..T ... ..T ..T ..T ..T T.T A.. ACT ..A ..A ..A ..A ..A ... ..A ... ... ... ... ..A ... ... AC. ACC A.A TC. AGA ..A ..A ..G TC. A.C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... .G. A.. ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... A.. .G. .GC TCA ... A.T ... ... ... ..C ..G ..T ... ..T ..T ..T .TT TAT T.. TGT ..T ... T.. C.T ..G ..T ..T ... ... ..T A.A ATT ..A ..T ..T AGC AA. A.. ... .TA T.A AG. ..A ..C ... ... ... ..A ..A ..C ... ... ... ... ... ..A ..C ..C ..G ... ... ... ... ... ... .G. AT. ... ... ... ... T.G CAG CAC ... ... ... ... ..C ..T ... ..C ..T ... ... ... ..T TTC .AT CCA .AA AAG ..A ..A ..T ..T ... ..T ..T ..T ..A ... ... ..T ..T ..T ..T ..T AC. ... ..T ..T T.. ... AAC .AC ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... A.C ..A ..C ..G ... ... ... ... C.C T.. ... ..G ..T ..T ..T ..C ..G ..T ..T ... A.A ... ... ... ... ... ..T ..G ..G A.A A.. ... ... ..T ..T ..T ... .AC C.C A.T ..C ..T ... ..T ..T ..C ..C ..T A.. AA. A.. ..G A.C A.. CCA ... .C. ... T.A A.. A.. .G. ..A ... ... ... ... ... ... ... ..A ..A ..G ..G ... ... ... A.. ..A ..A ..C ..G ... ... ... ... ... ... ... .CG CAA A.. A.. ..T ACA C.. ..T ... ... ..T ..T ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T G.. ... ... A.G GTG ..C ..C ..C ... ... ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... .T. .C. ... GGT ..T ..T ..C G.T A.. ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T A.T AGT ... ... ... ..T ..T ..T .TT ATG A.G ..G ..T ..T ... ..A ..A ..T AT. ..C A.G A.. A.A A.A CAC C.A CT. GAA ... .AC G.. ... G.A ..A ..C ..C ... ... ... G.. ..C ... ... ... A.. G.A G.. ..A ..G ... ... ... ... .TA ..A ..G ... ... ... ..T ..T ..T ... ... ... ... ..T ..T ..T ... ... ACA ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ..C ... ... ... ... C.T .AT ..G C.. C.C C.T C.T ..T C.. C.T ... ... C.. C.T C.T ..G .A. .AT ..T ..G ... ... ... ... ..T ..T ..T ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T C.. A.T C.T ..A C.T ..A ..A ..A ... ... G.. ..T CC. ... CAG ... GC. ..C GGC AC. .A. .A. .CG .C. G.. ... ..C ..C ..C ... CA. C.C C.. C.. ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... ... ZXC21_NCBI_MG772934 ... ... ... ... ... ..C ..G .G. .G. C.C ... ..G ... GTC .CT .GG C.. C.. T.T TTC ... ..G TCA ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T G.T ... ... ... ... ..T ..T .CT ..A G.. ..T ... ..A ..A ..A ... G.A ..A ..A ..A ... .CT .GA .GT ... ..T ... TCA ..A ..C ... ... ... .CA ..C ..A ..C ..C ... ... ... ... ... ... ... .C. ..C C.. .G. .G. TT. .T. ..C ... CG. ... .G. G.. ... G.C TC. CTG TCA .AC ... ... ... ..G ..C ..T ..C ..T .GC ... ..G ..T ... ..C ..C ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T ... ..C ..T ... ... ..G T.T ..A ..G ..T ..T ..T ..T C.T ..A TTG T.T ..T ..A .G. .A. ..A ..A ..A ..A ... ..A ..A ..C ... CG. ..A ..C ..A ..A ... ... ... ... ... .T. .GC .AG ..G .G. .T. G.. .TA GTA GTA ... GG. ..A GTA C.. ..A ... G.C .A. T.. .G. T.A ... ... ... ... ..G ..G ... C.C ... ..T ..T ..T TCT ..T G.. .AA .A. ..A ..A C.A ..A ... ... GCA .AC ..C ..C ..C ... ... .AC G.A ... ... ..C G.G ..T T.. G.. G.C ... ... ..T G.C ... C.T ..A ..T ... ... ..A ... ..T ..T .CA ... ... CAA T.. ..A ..C GCT ... ... C.T ..A ..C ..C ... ... ... ... ... ..A ..C ... ... ... ..A ..A ..C ..C ..C ... ..C ... ... ... ... ... ... G.. T.C CAG T.G ..A ..A ..A ... G.A G.. ..C ... C.C G.A G.C T.A C.. T.G A.. ..G .TT ... AC. ... ... ... ... ..G ..G ..G ... ... ..C ..G ..G ..G ..G ..G ..G .TC TT. ... ACT ... A.A ..A ..A ..A ..A ... ... ... T.. A.G ... ... ... TC. ... ... ... ... ..C ..T ..T ..T ... ... ... ..C ..C ..T ..T GAG ..T T.. ... ..A ... .AT ..A ..T ..G ..C AA. ..A ..A ..A ... ..A ... ... ... T.. ..A ..A ..A ..A ... ..C ..C ... ... ... ... ... ... GA. GA. G.. AAG ..T A.. ..C AAG ... ... .A. A.G ... AAA ... .AA ... TCT T.. ... T.. T.G T.. T.G ..C ..T T.. T.A T.A ... ... ... ... T.G ACA ... ... ..G ..T T.. T.. T.A T.A ..T T.. T.. T.A T.A ..A .A. ... ... ... ... ..A ..C ..C T.G ..A ..A ... ... ... T.A T.G T.G T.C G.C A.A ..C ... G.. T.A T.G T.G ..G ..G ..C ... ... ... ..G ..G ... ..G ..T ..G ..G .GT AC. ..G ..G A.T ... TC. C.A C.A ... ... ..T ... ..T ..T ... ..T ..T ..T ..T T.. A.. AGT ..A ..A ..A ..A ..A ... ..A ... ... ... ... ..A ... ... AC. AC. A.A TCC AGA ..A ..G ..G TC. A.C ..C ..C ..C ..C ... ..C ... ... ... ... ... A.. ..C ..C ... ..C ... ... ... ... ... ... A.C .G. .GC TCA ... A.T ... ... ... ..C ..G ..T ... ..T ..T ..T .TT TAT T.. TGT ..T ... T.. C.. ..G ..T ..T ... ... ..T A.A ATT ..A ..T ..T AGC AA. A.. ... A.A T.A AG. ..A ..C ..C ... ... ..A ..A ..C ... ... ... ... ... ..A ..C ... ..G ... ... ... ... ... ... .G. AT. ... ... ... ... T.G CAG CAC ... ... ... ... ..T ..T ... ..C ..T ... ... ... ..T TTT .A. CCG .AA AAA ..A ..A ..T ..T ... ..T ..T ..T ..A ... ... ..T ..T ..T ..T ..T AC. ... ..T ..T T.. ... AAC .AC ..A ..A ..C ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... A.C ..A ..C ..A ... ... ... ... C.C T.. ... ..G ..C ..T ..T ..C ..G ..T ..T ... A.A ... ... ... ..T ... ..T ..G ..G A.A ... ... ..T ... ..T ..T ... .AT C.C A.T ..C ..T ... ..T ..T ..C ..C ..T A.. AA. A.. ..G A.C A.. CCA ... .C. ... T.A A.. A.. .G. ..A ... ... ... ... ... ... ... A.A ..A ..G ..G ... ... ... A.. ..A ..A ... ..G ... ... ... ... ... ... ... .CG CAA A.. A.. ..T ACA C.. ..T ... ... ..T ..T ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T G.. ... ... A.G GTG ..C ... ... ... ... ..C ..C ..C ..C ..C ... ... ... ... .T. .C. ... GGT ..T ..T ..T G.T A.. ... ... ... ... ..T ..T ..T ..T ..T A.T AGT ... ... ..T ..C ..T ..T .TT ATG A.G ..G ..T ..T ... ..A ..A ..T AT. ... A.G A.. A.A A.A CAC C.A CT. GAA ... .AC G.. ... G.A ..A ..C ... ... ... ... G.. ..C ..C ... .T. A.. G.A G.. ..A ..G ... ... ... ... ..A ..A ..A ... ... ..T ... ..T ..T ... ... ... ... ..T ..T ..T ... ... ACA ..C ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..C ... ... ... C.T .AT ..G C.. C.T C.T C.T ..T ... C.T ... ... ... C.C C.T ..G .A. .AT ..T ..G ... ... ... ..T ..T ..T ..T ... ... ..T ..T ..T ..T ..T ..T C.. A.T C.T ..A C.T ..A ..A ..A ... ... G.. ..T CC. ... CAG ... GC. ..C GG. AC. .AC .A. .CG .C. G.. ... ..C ..C ... ... CA. C.. C.. C.. ..C ..C ..C ..C ... ... ..C ..C ... ... ... ... ... ... PANGOLIN_GX_P5L_2017_GISAID_EPI_ISL_410540 ... ... ... ..G ..G ..G ... ... ... ..G ... ..G CGT GTT ..G ... G.. C.G T.T TTG .G. ... GCT ... ... ... ... ... ... ..T G.. G.T ... ..T ..T GC. ..T ..T GCA ..G G.T G.G ..T ..A ..A C.A ..A G.C ..A ..A ... ... .GA ..A .GT ... ... ..T TCT .GT ..C ..C ..C ... ... ... .GA ..C ... ..C ..C ..C ... ... ... ... .C. .GC GG. ... G.A .G. ... ..C GG. ... ... ... ... ..C G.C GC. ... .C. .AT ... ... ..G ... ... ..T ..C ... ..T ... ... .TG ..T ..C ..T ... ... ... ... ..C ..G G.T ... ... ... ..G ... T.. T.C T.T ..T ..T ..A ..T ..T ..T C.A ..A TTG T.A ..T ..T .A. ... ..A ..A ... ... ... ... ... ..C ..A .GG ..C ..C T.C T.A ..A ..A ..A ..C ... ... .GC ... ..C .G. G.A .A. .T. G.A GT. ... TTG GTC ..A C.. .T. ..C C.. .A. ..A ..A ..C CA. ... ... ..G ... CAG ... ... ..G ..T ..T ..T TC. ..T .A. .AA .A. ..A ..A ..A ... ..A ... GTT .A. ... ... GC. ... ... TCC G.C ... ... ..C ... ..T T.. ..T ..T G.. ... G.T G.T ... ..T ... ..T ... ... ..T ... ..A ..T .CT ... C.C .CT ... ..C ..C .GA ... C.A C.T ... ..C ... ..A ... ... G.C G.. ... ..C ..A ... ... ..A G.. ..A ... ... G.. ..A ..A ..C ..C ... ... ... G.. G.. CAA C.A ... ..A ... ... ... G.. G.C ..A T.G G.. G.. ..A G.. C.G A.. ..G .T. ... AC. ... ... ..G ... ... ..G ..G AG. ... ... ... ... ... ..G .TG ... AT. TT. ..T A.. ..A A.A ..A ..A ..A ..A ... A.A ... A.C A.G ... ..C ... A.G ... ... ..T ..G ..T ... ..T ..T ..C ... ..C ... ..T ... ..T .A. ..T ..T .AG ..A ..A .AT ..A ... ..A ..A GT. ..A ..C ... ... ..A ..C ... G.A ... ..A ..C ... ... ..A ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ... ..A A.A ... AA. ..T A.. ..T AAA ... ..T .AA ..C ..C A.A ... .AA ... TC. T.. T.. ... ..T ..C ..T ... ..T T.G T.G ..T ..T ..A ... ..G ... ACA ... T.A T.A ..T ..T T.. ..A T.G ..T T.. ..T T.A T.. T.A T.. ... ... ... T.A T.A ..A ..C T.A ..A ..C ..A ... T.A ... A.G ... T.G ..A A.. ... T.A A.A ... ... T.G C.. ... C.G ... ..G ... ..G ..G ... ..T ..T ..G ..G .G. A.. ... C.. A.. TCA AGT ..A ACA ... ..T ..T ..T ... ... ... ... ... ..T ..T ACT ..A ACA A.C ..A ... ... ... ..A ... ..A ... ... ... ..A ..A ... AGG AC. C.A TCA AGA ..A ..G ..A AG. ..C ..A ..C ... ... ..C ... ..A ..C ... ... ... A.. ..C ... ... ... ..C ..C ..C ... ... ... ... ..C ..C ..C ... ..C ... ..T .G. ..T ..T ..T ... ... ..T ..T .T. ..C T.. TGT ..T T.. C.T C.T ..A CAA ..T AT. ... ..T A.A TTA ..A ..A ..T AG. C.G A.. ..A ... ... .G. ..A ..A ... ..A ... ..A ... ..C ..A ... ... ... ... ..A ..A ... ..A ..A ..C ..C ... ... T.A .G. .T. A.. ..C T.. ... T.A ATC ... ... ... ... ..T ... ..T ..G ... ..T ..T ..T ..T ... ..T .A. ..T AA. AAA ..A ..T ..A ..T ... ..A ... ... ... ... ..T ..A ..A ... ... ..T TCT ..T ..A ..T T.. ... AAC ... ..A ... ..A ..A ..C ... ... ... ..A ..C ... ... ..A ..C ..G ..A ... ... ... ..T T.. ... ..G ..T A.T ..G ..T ..G ..G ..T ... ..T A.T ... ... ..T ... ... ..G ..T ..T A.A ..T ..T ..T ... ..T A.T .AA C.T ..A ... ..A ... ... ..T ..T ..T ..T ... ..G A.. ... A.. ... .GA A.. A.G ... T.A A.. ... ... ..A ... ... ..A ..C ..C ..G ... A.A ..C ..G ... ..C ... ... C.. ..G ..G ... ..A ..A ..C ..C ..C ..G ... ... A.C CAA C.. C.. ..T .TT C.. ... ... ... ... ... ... ..T ... ... ... ... ... ..T ..T G.. .T. ..C A.G C.. ..C ..C ... ..C ... ..C ... ... ... ... ..C ..C ..C ... C.C .TA ..C CA. A.T GA. AAG G.T A.C ... ..C ..G ..T ... ..T ... ..C ..T A.. A.T A.. ... ..T ..T ... ..T GG. A.. A.. G.A ..T ..T ..T G.T ..A ..T CTT ..A A.A ... A.A ..A CA. C.. CT. GAA ..A .AC ... ... G.A ..A ... ..C ..A ..G ... ..A ..C ... ... ..C AGA ..A ... ..A ..A AGC ..A ... ... AA. ... ... ... ..T ... ..T ... ..T ... ... ..T ..T ... ... ..T ... ... ... ... ... ..C ..C ... ... ... ..C ... ... ..C ... ... ... C.T C.T C.T C.T C.. ..T C.T ..G C.T ... ..G ..G C.T C.T ... ..T .AT ... ..T ... ... ..T ... ... ..T ..T ... ..T ACT ... ... ..T ..T ..T A.. A.T ... C.A C.T C.C C.. ..A ..A C.C ..A ..T C.. ... G.C ... AAC .A. ACA ... .A. ... .CA .CA G.G ... ..C ... ..C ... .A. ... C.A ..A ..C ..C ... ... ... ... ... ... ..C ..C ..C ... ... ... SARS_COV_2_GISAID_EPI_ISL_402124 ... ... ..G ... ..G ... ... ..G ..G ..G ..G ..G C.. .TT ..G .G. G.. C.G T.C CTG .G. ... TCG ... ... ... ... ... ..T ... ... G.T ..T ... ..T TCG ... ..T TCT ..T G.T G.A ... ..A ... C.A ..A G.T ..A ... ..T ... ... .GA .GT ... ..A ..T TCT ..A ... ..C ..C ... C.. ... .GG ..C ... ..C ..C ... ..C ... C.. ... .CA ..C ... ... C.A .G. ... ... GCA ... ... ... ..C ..C G.C GC. ... .C. .AC ... ... ... ... ... ... ..C ... ..T ... ..G GTT ..T ..C ..T ..C ... ..T G.. ..T ..T G.T ... ... .GT ..T ..T T.T ..T T.C ..A ..A ..T ..A ..T ..A C.. ..A CTT T.T ..T ..T .G. ... ..A ... ..A ... ..A ..A ..C ..C ..A .GG ..A ... ..C T.. ..A ... ... ... ... ... .GC ..A ... .G. ..A .AC ... G.. GTC ... .AG GTA .A. C.A GT. ... C.A .A. ... ... G.. CA. ... ... ... ... .AG ... ..G ..G ... ..T ..T TC. ..T GCT .AA .A. ..A C.T ..A ... ..A ... .AC .A. ... ... GCG ... ... TC. G.C ... ..T ..T ..C ..C C.. ..T G.C ... ... G.T G.T ... ..T ..A ..T ... ..T ..T ..T ..T ... .CA ... C.A .CA ... ..C ..T .GA ... C.A T.A ... ..A ... ..A ..A ... ... G.. ... ..C ..C ..C ... ..A G.. ... ..A ..C G.. ... ... ..C ... ..C ..C ... G.. G.. C.. C.. ... ... ... ..A G.A G.A G.C ..A T.A G.. G.. ..A G.. T.G A.. AGT .TT ... ACG ... ..G ... ... ... ... ... .GT ... ..G ... ... ..G ..G .TG ... TT. TTG ..T A.T ... A.A ..A ..A ... ..A ..A A.A ..G ... A.G ... ... ... A.G ... ... ..T ... ... ... ... ..T ... ... ..T ... ..T ... ..T GTT ..T ..T ..T ..T ..A .A. ..A ..T ..A ... GAA ... ..A ..A ..A ..C ... ..C G.A ... ..A ... ... ... ..A ..A ..A ..A ..A ... ... ... ... ..A GAG ..A AA. ..T A.G ..T AAA ... ..T .A. A.A ... A.A ... .AA ... TC. T.. T.. ..G ..T ..C T.. T.G ..T T.G ..A ..T ..A ... ... ... ... ACA ..T T.A T.A ..T ..A T.T T.G T.A T.A T.. ..T T.A T.. T.A T.. ..C ... T.A ... ... ..C ... ... T.G ... ... ... T.A ..C A.G ... T.G T.. A.A ... T.A A.A T.G ..C T.G C.G ..G C.. ... ... ... ... ... ..T ..C ..T ... ..G .G. A.. ... ... A.. TCA AGT ..A A.T ... ... ..T ..T ... ..T ... ... ..T ..T ..T A.T ..A ACT A.C ..A ..A ..A ... ..A ..A ... ..A ... ... ... ..A ... TCA AC. C.G TC. AGA ..A ..A ..A TC. ..C ... ..C ... ... ..C ... ..A ... ..C ... ... A.. ..C ... ... ... ..C ... ... ..C ... ... A.. ..C ... ... ... ..T ... ... ... ..C ..T ..T ... ... ... ..T .TC ..G T.. TGT ..T T.. C.T C.T ..A CAA ..A AT. ... ... A.T TTA ..T ..A ..T AGC C.C A.. ..A T.. ... .G. ..A ... ... ..A ... ..A ... ..C ... ..A ..C ... ..A ..A ..C ... ... ... A.. ..A ... ... T.. .G. .T. A.C ... T.. ..A T.A .A. ..T ... ..C ..G ..T ... ..T ..C ..T ..T ..G ... ..T ..T ..T .AT ..T ..T AAG ..A ..A ..A ..T ... ... ... ... ..T ... ..T ..A ..T ..T ..T ... TCT ..T ..T ..T T.. ... AAC ... ..A ..A ..A ... ..C ..C ..C ... ... ... ... ... ... ..C ..A ... ..A ..C ... ... T.. ... ..G ... A.T ..G ..C ..T ..T ... ... A.T ..A ..A ..G ..T ... ... ... ..G ... A.A ..T ... ... ..T ..T A.T .AA C.A ..C ... ..C ..T ... ..T ..T ..T ..T ... ..G A.A ..C A.. ... CAA A.. CAG ... T.G A.A ... ... ..A ..A ... ..C ..C ... ..A ... A.. ..C ... ..G ..G ..A ... T.A ..C ..G AAG ..G ... ..G ... ... ... ..G ... A.. CAA C.. C.A ... ... C.. ..T ... ..T ... ..T ..T ..T ... ... ... ..T ..T ... ..T G.. .T. ... A.A C.. ... ... ... ..C ..C ... ..C ... ... ... ..C ... ... ... C.C .TG ... CAG A.C GA. AAC G.. A.. ... ..T ... ..C ... ... ..T ..C ..T A.. A.T A.T ..T ..C ..T ... ..T GGT A.T A.T G.A ..A ... ..T G.T ..A ..C CTT ... A.G ... A.. ..A CAC C.. CT. GAA A.. .A. ... G.. G.. ... ..A ..A ..A ..A ... ..C ..C ..C ... ..C CAG G.A ... ... ..A AGC ... ..A ... AAC .TC ... ... ..T ... ..T ... ..T ..T ..T ... ..T ... ..T ..T ... ... ... ... ... ..C ... ..C ..C ... ... ... ... ... ..C ... C.T ..G C.T C.. .C. C.T G.T C.T ... C.T ... ... AAG C.T ... ..G ..T .AT ..T ..T ... ..T ... ..T ... ..T ..T ..T ..T ACT ... ..T ... ..T ..T A.. A.T ..A ... C.T ... ..A C.A C.T ..A ... ..T ..G ... ..A ... AA. .A. ACC ... .A. ..C .CA .CA G.A ... ..C ..C ... ... .A. ... ..C ..G ..C ... ..C ... ..C ... ... ... ..C ..C ... ..C ... ... RATG13_GISAID_EPI_ISL_402131 ... ..G ... ... ..G ... ... ... ..G ..G ..G ..G C.. .TT ..G .C. G.. C.G T.C CTT .G. ..G TCA ... ..T ... ... ..T ..T ... ..T G.T ..T ... ..T TCG ... ..T TCT C.T G.T G.A ... ..A ..A C.A ..A G.T ..A ..A ..T ... ... .CA .GT ... ..A ..C TCT ..A ... ..C ... ... C.. ..C .GG ..C ... ..C ..C ... ... ... ... ... .CA .GC ..C ... T.. .G. ... ... GCA ... ... ... ..C ... G.C GC. ... .C. .AC ... ..G ... ... ... ... ..T ... ..C ... ..G GTT ..T ..C ..T ..T ..T ..T ..T ..T ..T G.T ... ... .GT ..T ..T T.T ..T T.T ..A ..A ... ..A ... ..A C.T ..A CTA T.T ..A ..T .G. ... ..A ... ..A ... ..A ..A ..C ..C ..A .GG ..A ..A ..C T.. ..A ..A ... ... ... ... .GC ... ... .G. ..A .AC ... G.. GT. ... .AA GTG GA. C.A GT. ..C C.A .AC ... ... G.. CA. ... ..G ... ..G .AG ..G ... ... ... ... ..T TC. ..T GC. .AA .A. ..A C.T ..A ... C.T ... .A. .A. ..C ... GCA ... ... TC. G.C ... ..T ..T ..T ..T C.G ..T G.C ... ... G.T G.T ... ..C ..A ..T ... ..T ..T ..T ..T ... .CT ... C.A .CC ... ..C ..T .GA ... C.A T.A ... ..A ..C ..A ..A ... ... G.. ... ..C ... ..C ... ..A G.C ... ..A ... G.. ... ... ... ... ..C ... ... G.. G.. ... C.. ..C ... ... ..A G.. G.. G.C ..A T.A G.. G.G ..A G.. T.G A.. AGT .TT ... ACG ... ..G ... ... ... ... ..G .GT ... ..G ... ..G ..G ..G .T. ... TT. TTG ..T A.T ... A.A ..A ... ... ..A ..A A.A ..G ... A.A ... ... ... A.A ... ... ..T ... ... ..T ... ..T ... ... ..T ... ..T ... ..T .A. ..C ..T ... ... ..A .A. ..A ..T ..A ... A.. ... ..A ..A ..A ... ..C ... G.A ... ... ..A ..A ... ..A ..A ..A ..A ... ... ..A ... ..A ..A GAG ... AA. ..T A.G ..T AAA ... ..T .A. A.A ... A.A ... .AA ... TC. T.. T.. ... ..T ..T T.. T.G ..T T.G ..A ..T ..A ... ... ... ..T ACA ..T T.A ..A ..T ..A T.. T.G T.A ..T T.. ..T T.. T.. T.A T.. ... ..C T.A ... ... ..C ... ... T.G ..C ... ... T.A ... A.G ... T.G ..A A.A ... T.A A.A T.G ..C T.G C.G ..G C.. ... ... ... ... ..G ..T ..C ..T ... ..G .G. A.. ... ..G A.T TCA AGT ..A A.. ... ... ..T ..T ... ..T ... ..T ..T ... ..T A.T ..A ACT A.C ..A ..A ... ... ..A ..A ... ..A ..A ... ... ... ... AGA AC. C.G TC. AGA ..A ..A ..A TC. ..C ..C ..C ..C ... ..C ... ..A ... ... ... ... A.. ..C ... ... ... ..C ..C ... ..C ..C ... A.. ... ... ... ... ..T ... ..T ... ..C ..T ..T ... ... ... ..T .TC ..G T.. TGT ..T T.. C.T C.T ..A CAA ..A AT. ... ... A.T TTA ... ..T ..T AGC C.. ..C ..A ..A ... .G. ..A ..C ... ..A ... ..A ... ..C ..C ... ..C ... ..A ..A ..C ... ... ... A.. ... ..C ... T.. .G. .T. A.A ... T.. ... T.A .AT ..T ... ..C ... ..T ... ..T ..C ..T ..T ..G ... ..T ..T ..T .AT ..T ..T AAA ..A ..A ..A ..T ... ... ... ... ..T ..T ..T ..A ..T ..A ..T ..T .CT ..T ..T ..T T.. ... AAC ..A ..A ..A ..A ... ..C ..A ..C ..C ... ... ... ... ... ... ..A ..A ..A ... ... ..G T.. ... ..G ... A.T ..G ..C ..T ..T ... ... A.T A.A ... ... ..T ... ... ..T ..G ..T A.A ..T ... ..T ..T ..T A.T .AA C.A ..C ... ..C ... ... ..T ..C ..T ..T ... ..G A.A ..C A.. ... CAG A.. CAA ..G T.A A.A ..A ... ..A ..A ... ..C ... ... ..A ... A.. ..C ... ..G ..C ..A ... T.A ..C ..G AAG ..G ... ... ..C ... ... ..G ... A.. CAA C.. ... ... ..T C.. ..T ... ..T ..T ..T ... ..T C.. ... ..T ... ..T ..T ..T G.. .TC ... A.A C.. ... ... ..C ..C ... ... ..C ... ..C ... ..C ..C ... ... C.. CTC ... CAG A.C GA. AAT G.. A.. ... ..T ..T ..C ... ... ... ..T ..T A.. A.T A.T ..T ..T ..T ... ..T GGT A.T A.T G.A ..G ..T ..T G.. ..A ..T CTT ..A A.G ... A.. ..A CAC C.. CT. GAA A.. .A. ..C G.A G.. ... ..A ..A ..A ..A ... ... ..C ..C ... ... C.. G.A ... ... ..A AGC ... ..G ... AAC ..C ... ... ... ... ..T ... ..T ... ..T ... ..T ... ..T ..T ... ... ..C ... ... ..C ... ..C ... ... ..C ... ... ... ..C ... C.T ..G C.C C.. ... C.T G.T C.T ... C.T ... C.. AAG C.T C.T ..G ..T .A. ..T ..T ... ..T ... ..T ... ... ..T ... ..T ACT ... ..T ... ... ..T A.. A.T ..A C.. C.T C.. C.A ..A C.T ..A ..A ..T ..G ... ..A ... AA. .A. AC. ... .A. ..C .CA .CA G.A ... ..C ..C ... ... .A. ... ..C ..G ..C ..C ..C ..C ... ... ..C ... ..C ... ... ... ..C ... 8 2 1 1 1 1 3 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 5 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 2 2 14 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 9 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 9 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 14 1 3 1 2 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 4 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 10 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 11 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 7 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 10 1 1 2 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 3 2 9 1 1 1 1 1 1 1 2 4 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 4 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 22 CODONML (in paml version 4.9, March 2015) Spike_ali_nucl-VIRULIGN_aln.nt_ali.checked.nogaps.fasta Model: One dN/dS ratio for branches, Codon frequency model: F3x4 ns = 8 ls = 1219 Codon usage in sequences -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Phe TTT 59 59 62 52 57 56 | Ser TCT 41 41 30 39 39 29 | Tyr TAT 34 33 37 40 40 26 | Cys TGT 21 20 20 27 27 25 TTC 23 23 11 22 19 18 | TCC 6 6 11 9 9 10 | TAC 18 18 11 15 15 23 | TGC 17 18 18 11 11 14 Leu TTA 17 18 27 22 26 26 | TCA 27 26 32 23 24 30 | *** TAA 0 0 0 0 0 0 | *** TGA 0 0 0 0 0 0 TTG 13 13 18 21 19 15 | TCG 3 3 5 5 4 2 | TAG 0 0 0 0 0 0 | Trp TGG 9 9 12 10 10 10 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Leu CTT 32 33 31 34 33 38 | Pro CCT 30 29 31 25 22 26 | His CAT 11 11 8 11 12 11 | Arg CGT 7 7 8 8 7 7 CTC 20 19 14 18 18 12 | CCC 3 4 6 5 8 5 | CAC 2 2 4 5 6 4 | CGC 3 3 4 3 4 3 CTA 10 10 12 8 6 15 | CCA 18 18 13 23 20 20 | Gln CAA 42 42 43 36 37 47 | CGA 4 4 0 1 1 0 CTG 4 4 6 3 3 4 | CCG 2 2 1 0 2 3 | CAG 11 11 17 21 20 13 | CGG 1 1 2 0 0 0 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Ile ATT 54 54 44 45 46 43 | Thr ACT 44 44 35 43 42 34 | Asn AAT 52 52 47 52 51 46 | Ser AGT 10 10 21 14 17 17 ATC 9 9 13 17 15 15 | ACC 11 11 14 9 8 12 | AAC 28 28 25 26 25 31 | AGC 6 6 5 9 7 3 ATA 14 14 20 18 20 20 | ACA 37 37 35 39 40 45 | Lys AAA 33 31 37 39 39 41 | Arg AGA 12 13 14 17 18 22 Met ATG 19 19 14 14 14 15 | ACG 3 3 7 7 7 3 | AAG 26 26 17 19 18 19 | AGG 12 13 10 10 9 8 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Val GTT 47 47 45 42 42 53 | Ala GCT 48 48 38 51 51 42 | Asp GAT 49 50 39 39 40 35 | Gly GGT 28 28 38 36 37 36 GTC 19 19 13 19 20 17 | GCC 12 12 16 11 10 9 | GAC 21 22 30 22 22 26 | GGC 23 22 18 16 15 12 GTA 12 12 19 13 12 10 | GCA 18 18 28 13 14 24 | Glu GAA 21 22 24 20 20 27 | GGA 20 19 17 19 20 27 GTG 13 13 20 14 13 15 | GCG 5 5 4 4 4 0 | GAG 21 21 15 23 23 18 | GGG 4 4 3 2 1 2 -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ---------------------------------------------------------------------- Phe TTT 58 51 | Ser TCT 33 36 | Tyr TAT 37 37 | Cys TGT 27 25 TTC 17 22 | TCC 12 7 | TAC 13 14 | TGC 12 14 Leu TTA 28 26 | TCA 25 23 | *** TAA 0 0 | *** TGA 0 0 TTG 20 16 | TCG 2 3 | TAG 0 0 | Trp TGG 10 10 ---------------------------------------------------------------------- Leu CTT 36 38 | Pro CCT 26 27 | His CAT 12 13 | Arg CGT 9 10 CTC 12 12 | CCC 4 3 | CAC 4 4 | CGC 1 1 CTA 9 14 | CCA 25 26 | Gln CAA 46 42 | CGA 0 0 CTG 3 3 | CCG 0 0 | CAG 15 17 | CGG 0 0 ---------------------------------------------------------------------- Ile ATT 44 48 | Thr ACT 43 42 | Asn AAT 49 52 | Ser AGT 15 13 ATC 13 10 | ACC 9 11 | AAC 34 28 | AGC 4 7 ATA 18 19 | ACA 38 39 | Lys AAA 37 42 | Arg AGA 19 16 Met ATG 13 13 | ACG 3 4 | AAG 23 19 | AGG 10 11 ---------------------------------------------------------------------- Val GTT 46 46 | Ala GCT 41 40 | Asp GAT 42 42 | Gly GGT 40 40 GTC 20 21 | GCC 7 13 | GAC 19 21 | GGC 15 11 GTA 15 10 | GCA 26 23 | Glu GAA 33 28 | GGA 17 22 GTG 13 15 | GCG 2 2 | GAG 13 16 | GGG 2 1 ---------------------------------------------------------------------- Codon position x base (3x4) table for each sequence. #1: SARS_COV_GENBANK_AY278741 position 1: T:0.23626 C:0.16407 A:0.30353 G:0.29614 position 2: T:0.29943 C:0.25267 A:0.30271 G:0.14520 position 3: T:0.46514 C:0.18130 A:0.23380 G:0.11977 Average T:0.33361 C:0.19934 A:0.28001 G:0.18704 #2: GZ02_NCBI_AY390556 position 1: T:0.23544 C:0.16407 A:0.30353 G:0.29696 position 2: T:0.30025 C:0.25185 A:0.30271 G:0.14520 position 3: T:0.46432 C:0.18212 A:0.23298 G:0.12059 Average T:0.33333 C:0.19934 A:0.27974 G:0.18759 #3: RMYN02_GISAID_EPI_ISL_412977 position 1: T:0.24118 C:0.16407 A:0.29368 G:0.30107 position 2: T:0.30271 C:0.25103 A:0.29040 G:0.15587 position 3: T:0.43806 C:0.17473 A:0.26333 G:0.12387 Average T:0.32732 C:0.19661 A:0.28247 G:0.19360 #4: ZC45_NCBI_MG772933 position 1: T:0.24282 C:0.16489 A:0.31009 G:0.28220 position 2: T:0.29696 C:0.25103 A:0.30189 G:0.15012 position 3: T:0.45775 C:0.17801 A:0.23872 G:0.12551 Average T:0.33251 C:0.19798 A:0.28357 G:0.18594 #5: ZXC21_NCBI_MG772934 position 1: T:0.24610 C:0.16325 A:0.30845 G:0.28220 position 2: T:0.29779 C:0.24938 A:0.30189 G:0.15094 position 3: T:0.46185 C:0.17391 A:0.24364 G:0.12059 Average T:0.33525 C:0.19552 A:0.28466 G:0.18458 #6: PANGOLIN_GX_P5L_2017_GISAID_EPI_ISL_410540 position 1: T:0.23298 C:0.17063 A:0.30681 G:0.28958 position 2: T:0.30517 C:0.24118 A:0.30107 G:0.15258 position 3: T:0.42986 C:0.17555 A:0.29040 G:0.10418 Average T:0.32267 C:0.19579 A:0.29943 G:0.18212 #7: SARS_COV_2_GISAID_EPI_ISL_402124 position 1: T:0.24118 C:0.16571 A:0.30517 G:0.28794 position 2: T:0.29943 C:0.24282 A:0.30927 G:0.14848 position 3: T:0.45775 C:0.16079 A:0.27564 G:0.10582 Average T:0.33279 C:0.18977 A:0.29669 G:0.18075 #8: RATG13_GISAID_EPI_ISL_402131 position 1: T:0.23298 C:0.17227 A:0.30681 G:0.28794 position 2: T:0.29861 C:0.24528 A:0.30763 G:0.14848 position 3: T:0.45939 C:0.16325 A:0.27071 G:0.10664 Average T:0.33033 C:0.19360 A:0.29505 G:0.18102 Sums of codon usage counts ------------------------------------------------------------------------------ Phe F TTT 454 | Ser S TCT 288 | Tyr Y TAT 284 | Cys C TGT 192 TTC 155 | TCC 70 | TAC 127 | TGC 115 Leu L TTA 190 | TCA 210 | *** * TAA 0 | *** * TGA 0 TTG 135 | TCG 27 | TAG 0 | Trp W TGG 80 ------------------------------------------------------------------------------ Leu L CTT 275 | Pro P CCT 216 | His H CAT 89 | Arg R CGT 63 CTC 125 | CCC 38 | CAC 31 | CGC 22 CTA 84 | CCA 163 | Gln Q CAA 335 | CGA 10 CTG 30 | CCG 10 | CAG 125 | CGG 4 ------------------------------------------------------------------------------ Ile I ATT 378 | Thr T ACT 327 | Asn N AAT 401 | Ser S AGT 117 ATC 101 | ACC 85 | AAC 225 | AGC 47 ATA 143 | ACA 310 | Lys K AAA 299 | Arg R AGA 131 Met M ATG 121 | ACG 37 | AAG 167 | AGG 83 ------------------------------------------------------------------------------ Val V GTT 368 | Ala A GCT 359 | Asp D GAT 336 | Gly G GGT 283 GTC 148 | GCC 90 | GAC 183 | GGC 132 GTA 103 | GCA 164 | Glu E GAA 195 | GGA 161 GTG 116 | GCG 26 | GAG 150 | GGG 19 ------------------------------------------------------------------------------ Codon position x base (3x4) table, overall position 1: T:0.23862 C:0.16612 A:0.30476 G:0.29050 position 2: T:0.30004 C:0.24815 A:0.30219 G:0.14961 position 3: T:0.45427 C:0.17371 A:0.25615 G:0.11587 Average T:0.33097 C:0.19599 A:0.28770 G:0.18533 Codon frequencies under model, for use in evolver (TTT TTC TTA TTG ... GGG): 0.03373675 0.01290069 0.01902357 0.00860554 0.02790258 0.01066974 0.01573378 0.00711736 0.03397888 0.01299328 0.00000000 0.00000000 0.01682226 0.00643271 0.00000000 0.00429100 0.02348669 0.00898114 0.01324374 0.00599096 0.01942508 0.00742801 0.01095347 0.00495493 0.02365526 0.00904560 0.01333879 0.00603396 0.01171124 0.00447829 0.00660376 0.00298729 0.04308793 0.01647651 0.02429654 0.01099083 0.03563664 0.01362719 0.02009488 0.00909016 0.04339718 0.01659477 0.02447091 0.01106971 0.02148506 0.00821573 0.01211505 0.00548039 0.04107272 0.01570591 0.02316019 0.01047679 0.03396992 0.01298985 0.01915505 0.00866501 0.04136750 0.01581863 0.02332641 0.01055198 0.02048021 0.00783148 0.01154843 0.00522407 Nei & Gojobori 1986. dN/dS (dN, dS) (Note: This matrix is not used in later ML. analysis. Use runmode = -2 for ML pairwise comparison.) SARS_COV_GENBANK_AY278741 GZ02_NCBI_AY390556 0.4546 (0.0021 0.0047) RMYN02_GISAID_EPI_ISL_412977 0.1287 (0.1897 1.4742) 0.1244 (0.1892 1.5207) ZC45_NCBI_MG772933 0.1007 (0.1549 1.5373) 0.0993 (0.1543 1.5535) 0.1206 (0.1582 1.3121) ZXC21_NCBI_MG772934 0.1045 (0.1567 1.4991) 0.1030 (0.1561 1.5144) 0.1255 (0.1584 1.2621) 0.0483 (0.0057 0.1184) PANGOLIN_GX_P5L_2017_GISAID_EPI_ISL_410540 0.0993 (0.1476 1.4870) 0.0993 (0.1468 1.4792) 0.1380 (0.1941 1.4067) 0.1104 (0.1271 1.1512) 0.1049 (0.1291 1.2313) SARS_COV_2_GISAID_EPI_ISL_402124 0.1014 (0.1505 1.4846) 0.1014 (0.1506 1.4853) 0.2141 (0.1945 0.9083) 0.1080 (0.1270 1.1755) 0.1009 (0.1280 1.2684) 0.0471 (0.0449 0.9535) RATG13_GISAID_EPI_ISL_402131 0.0921 (0.1465 1.5918) 0.0918 (0.1468 1.5993) 0.1860 (0.1924 1.0342) 0.1188 (0.1268 1.0672) 0.1180 (0.1278 1.0832) 0.0411 (0.0430 1.0457) 0.0415 (0.0124 0.2989) TREE # 1: ((7, 8), ((3, (5, 4)), (1, 2)), 6); MP score: 2252 lnL(ntime: 13 np: 15): -14862.120398 +0.000000 9..10 10..7 10..8 9..11 11..12 12..3 12..13 13..5 13..4 11..14 14..1 14..2 9..6 0.272156 0.115056 0.130717 0.449853 0.319720 1.295614 0.482474 0.062445 0.036506 1.087985 0.006019 0.002550 0.404287 1.783449 0.055365 Note: Branch length is defined as number of nucleotide substitutions per codon (not per neucleotide site). tree length = 4.66538 ((7: 0.115056, 8: 0.130717): 0.272156, ((3: 1.295614, (5: 0.062445, 4: 0.036506): 0.482474): 0.319720, (1: 0.006019, 2: 0.002550): 1.087985): 0.449853, 6: 0.404287); ((SARS_COV_2_GISAID_EPI_ISL_402124: 0.115056, RATG13_GISAID_EPI_ISL_402131: 0.130717): 0.272156, ((RMYN02_GISAID_EPI_ISL_412977: 1.295614, (ZXC21_NCBI_MG772934: 0.062445, ZC45_NCBI_MG772933: 0.036506): 0.482474): 0.319720, (SARS_COV_GENBANK_AY278741: 0.006019, GZ02_NCBI_AY390556: 0.002550): 1.087985): 0.449853, PANGOLIN_GX_P5L_2017_GISAID_EPI_ISL_410540: 0.404287); Detailed output identifying parameters kappa (ts/tv) = 1.78345 omega (dN/dS) = 0.05536 dN & dS for each branch branch t N S dN/dS dN dS N*dN S*dS 9..10 0.272 2893.4 763.6 0.0554 0.0199 0.3591 57.5 274.2 10..7 0.115 2893.4 763.6 0.0554 0.0084 0.1518 24.3 115.9 10..8 0.131 2893.4 763.6 0.0554 0.0095 0.1725 27.6 131.7 9..11 0.450 2893.4 763.6 0.0554 0.0329 0.5936 95.1 453.3 11..12 0.320 2893.4 763.6 0.0554 0.0234 0.4219 67.6 322.2 12..3 1.296 2893.4 763.6 0.0554 0.0946 1.7096 273.9 1305.5 12..13 0.482 2893.4 763.6 0.0554 0.0352 0.6366 102.0 486.2 13..5 0.062 2893.4 763.6 0.0554 0.0046 0.0824 13.2 62.9 13..4 0.037 2893.4 763.6 0.0554 0.0027 0.0482 7.7 36.8 11..14 1.088 2893.4 763.6 0.0554 0.0795 1.4356 230.0 1096.3 14..1 0.006 2893.4 763.6 0.0554 0.0004 0.0079 1.3 6.1 14..2 0.003 2893.4 763.6 0.0554 0.0002 0.0034 0.5 2.6 9..6 0.404 2893.4 763.6 0.0554 0.0295 0.5335 85.5 407.4 tree length for dN: 0.3408 tree length for dS: 6.1560 Time used: 0:47